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一、初洗
1、拆下內鏡的各個部件，在流動水下進行反復的清洗，用紗布正反兩面擦拭。
2、取下活檢入口閥門、吸引器按鈕和送水送氣按鈕，用清潔毛刷對活檢孔道和導光軟管的吸引器管道進行刷洗。要洗凈刷頭上的污物。
3、 高壓水槍要反復的清洗各個孔道，內鏡的彎曲部，軸節部等要用軟毛刷進行徹底的清洗，在清洗的時候要小心、謹慎，避免劃傷鏡面。
二、酶洗
1. 多酶洗液的比例應按照說明書正確配置。
2. 把擦干凈的內鏡放在酶洗槽當中，用注射器在多酶洗液中抽取100毫升，沖洗送氣送水管道，用吸引器將含酶洗液吸入活檢孔道，操作部可用酶洗液進行擦拭。
三、次洗
1. 多酶洗液浸泡后的內鏡，可以注射器徹底的清洗各個管道，以便清除管道內多余的多酶洗液及污物，清洗內鏡外表面的時長應在1min。
2.向各管道沖氣10秒鐘，來排出管道里的水分，同時用紗布擦拭鏡面。
四、浸泡
1.將內鏡及各個按鈕擦干后放在清洗液中，在管腔內充分的注入清洗液。沒有全部浸泡在液體中的，必須要用清水擦拭后再用75%乙醇擦拭。
2.胃鏡、腸鏡、十二指腸鏡浸泡不少于10min；支氣管鏡浸泡不少于20min；結核桿菌、其他分枝桿菌等特殊感染患者使用后的內鏡浸泡不少于45min。如果說當天不再使用該內鏡的話，應當延長清洗的時間至30min。
五、末洗
清洗人員應該在內鏡從槽取出前，更換手套。用注射器向各個管腔注入空氣，來消除清洗液。內鏡放在沖洗槽，在流動水下用紗布清洗內鏡的外表面，反復的抽吸清水來沖洗各個孔道。
六、干燥
內鏡應用酒精紗布擦拭，用高壓水槍將各孔道的水分抽取并吸收干凈。取下清洗時的專用管道和按鈕，換上診療時所需的各種附件。
七、無菌儲藏/使用
每次診療結束后，應該把干燥后的內鏡儲存在干凈的鏡房內，垂直的懸掛起來。 診療之前，必須要把當天要使用的內鏡進行再次的清洗。可以用2%戊二醛浸泡，時間應不少于20分鐘，再沖洗和干燥后，才能給病人使用。
